Fakultas Pertanian pada saat didirikan memiliki dua jurusan yaitu Jurusan Pertanian dan Jurusan Kehutanan. Jurusan Pertanian saat itu memiliki empat departemen yaitu Departemen Agronomi, Hama dan Penyakit, Tanah dan Sosial Ekonomi Pertanian (SK Dekan Fakultas Pertanian Kehutanan UNPATTI No. 1/KPTS/FPK/1976). Berdasarkan Surat Keputusan Direktur Jenderal Pendidikan Tinggi, Departemen Pendidikan dan Kebudayaan Republik Indonesia No 105/DIKTI/KEP/1984 tanggal 21 Agustus 1984 tentang jenis dan jumlah Program Studi di setiap Jurusan pada Fakultas di lingkungan Universitas Pattimura maka Departemen berubah menjadi Program Studi yaitu Prodi Agronomi, Hama dan Penyakit, Ilmu Tanah dan Sosial Ekonomi Pertanian yang bernaung di bawah Jurusan Budidaya Pertanian, Fakultas Pertanian Unpatti.
Kemudian tahun 2007, berdasarkan Surat Keputusan Direktur Jenderal Pendidikan Tinggi, Departemen Pendidikan Nasional No. 163/DIKTI/KEP/2007, tanggal 20 November 2007 tentang Penataan dan Kodefikasi Program Studi pada Perguruan Tinggi dan Izin Operasional Rektor Unpatti Nomor 106/H13/SK/2009 Tanggal 18 Maret 2009 maka terjadi perubahan nama dari Program Studi Sosial Ekonomi menjadi Program Studi Agribisnis. Pada saat itu program studi Agribisnis masih bernaung di bawah Jurusan Budidaya Pertanian. Kemudian tahun 2013, berdasarkan Surat Keputusan Rektor Universitas Pattimura Nomor. 204B/UN13/SK/2013, ditetapkan jurusan baru pada Fakultas Pertanian yakni Jurusan Agribisnis, sehingga program studi Agribisnis saat ini telah bernaung di bawah jurusan Agribisnis. Terkait dengan dibukanya Program Studi penyuluhan yang masih berada di bawah naungan Jurusan Agribisnis sehingga Jurusan Agribisnis memiliki dua Program Studi, maka diusulkan perubahan nama Jurusan Agribisnis menjadi Jurusan Sosial Ekonomi Pertanian (SOSEK) dan mulai diberlakukan pada tahun 2018. Program Studi Agribisnis pada tahun 2019 berhasil mendapat status “TERAKREDITASI” dengan peringkat ‘A’ berdasarkan Surat Keputusan BAN-PT No. 420/SK/BAN-PT/Akred/S/III/2019 Tanggal 19 Maret 2019.
Program Studi Agribisnis yang bernaung di bawah Jurusan Sosial Ekonomi Pertanian Fakultas Pertanian Universitas Pattimura adalah penyelenggara Pendidikan Tinggi di bidang Sosial Ekonomi Pertanian/Agribisnis. Sebagai salah satu komponen sistem pendidikan nasional, Program Studi Agribisnis mempunyai tanggung jawab yang besar untuk mencerdaskan kehidupan bangsa dan meningkatkan kualitas sumber daya manusia Indonesia. Sejalan dengan visi Universitas Pattimura dan Fakultas Pertanian, yang menekankan pada keunggulan dan kedaulatan pengembangan sumberdaya manusia berbasis wilayah kepulauan maka diharapkan Program Studi Agribisnis dapat unggul di bidang Agribisnis berciri kepulauan yang menghasilkan profil Sumberdaya Manusia sebagai manajer usaha pertanian/agribisnis, pelaku/pengusaha agribisnis, perencana pembangunan/fasilitator pengembangan masyarakat agribisnis, dan konsultan/pengkaji agribisnis.
Program Studi Agribisnis secara aktif turut serta dalam meningkatkan kesejahteraan masyarakat melalui pelaksanaan dan pengembangan kegiatan Tri Dharma Perguruan Tinggi. Kehadiran Program Studi Agribisnis sebagai program studi yang menyediakan pendidikan tinggi tentang agribisnis baik dari sisi sistem maupun bisnis. Pendekatan sistem merupakan integrasi dari berbagai sub sistem maupun sub sektor dalam agribisnis sedangkan dari pendidikan bisnis lebih menekankan kepada pemahaman tentang proses bisnis dan keterlibatan para stakeholders (mulai dari petani, perusahaan sampai pemerintah). Oleh karena itu, pendidikan agribisnis merupakan kombinasi pemahaman dari berbagai aspek baik aspek teknologi, sosial, ekonomi dan manajemen serta kewirausahaan.